Одвојени тип
Мембрански модул и биореактор се инсталирају одвојено.
Мешана течност у биореактору је под притиском циркулационе пумпе, а затим се пумпа до краја филтрације мембранског модула. Под притиском, течност у мешаној течности продире кроз мембрану, постајући третирана вода; чврсте материје и велики молекули се задржавају мембраном и враћају у биореактор са концентратом.
Интегрисани тип
Мембрански модул је смештен унутар биореактора. Напојна вода улази у мембрански биореактор, где се већина загађивача уклања активним муљем у мешаној течности, а затим се вода филтрира кроз мембрану под спољним притиском.
Овај тип мембранског биореактора има релативно ниску потрошњу енергије јер елиминише систем циркулације мешавине течности и ослања се на филтрацију уз помоћ пумпе; такође има компактнији отисак од одвојеног типа и добио је значајну пажњу у области пречишћавања воде последњих година. Међутим, генерално има релативно низак флукс мембране, склон је прљању мембране и тешко се чисти и замењује након прљања.
Композитни тип
По облику такође спада у категорију интегрисаних мембранских биореактора. Разлика је у томе што се материјал за паковање додаје унутар биореактора како би се формирао композитни мембрански биореактор, који мења неке од својстава реактора.