Најшире прихваћена хипотеза у вези са механизмом формирања флокула активног муља је ефекат премошћавања екстрацелуларних полимера и филаментозних бактерија. Стога, проблем-одвајања воде муља у системима са активним муљем такође се може објаснити са следећих аспеката:
1. Дисперзовани раст
Генерално се верује да је распршени раст, познат и као анти-флокулација или дезинтеграција муља, углавном због недостатка ванћелијских полимера или интерференције са ефектом премошћавања ових полимера, спречавајући микроорганизме активног муља да се приањају заједно. Фактори који могу да доведу до дисперзованог раста укључују: прекомерни раст не-бактерија које не флокулишу; низак однос двовалентних катјона (нпр. јона калцијума и магнезијума) према моновалентним катјонима (јони калијума и натријума); анти-ефекат биосурфактаната против флокулације; тровање муљем због уношења токсина; нагло повећање Ф/М односа узроковано ударним оптерећењима или губитком муља; и закисељавање и дезинтеграцију анаеробног муља у великим-областима у резервоару за аерацију.
Такве флокуле се веома разликују по величини; веће флокуле брзо тону, док мање флокуле тону споро, формирајући дисконтинуални слој са замућеним супернатантом.
2. Флуке муља у облику игле
Када флокуле активног муља садрже само бактерије сличне флоку-и без филаментозних бактерија, оне су обично веома мале (до 75 µм), лабаве и ломљиве. Ове флокуле се називају игличастим-флокусима муља.
Када је биофлокулација неефикасна, ови коси се лако секу у фрагменте турбулентним током у резервоару за аерацију, посебно када се користи механичка аерација или дифузори великих мехурића. Поред тога, разне пумпе, гравитационе бране и вијугаве цеви могу да створе турбуленцију, даље разбијајући ове косине на мале комаде. Када је оптерећење муљем (Ф/М) прениско, старење муља такође може довести до игличастих муља у облику-.
Ове флокуле се значајно разликују по величини; веће флокуле се таложе брзо, док се мање флокуле таложе споро, формирајући дисконтинуални слој са замућеним супернатантом.
3. Расуте суспендоване флокуле
Понекад се на површини секундарног таложника могу видети лабаве флокуле, али ефлуент остаје чист. Испитивања таложења су показала да је брзина таложења муља била спора. Ова појава се назива лабава суспензија флока. Главни разлог је што је оптерећење муљем (Ф/М) превисоко, микроорганизми активног муља су у логаритамској фази раста, што резултира високим нивоом енергије у активном муљу, снажном микробном активношћу, лабавом текстуром муља, слабим формирањем флока и потешкоћама у таложењу. Када се оптерећење муља на одговарајући начин смањи, лабаве флокуле могу нестати.