Биотрансформација амонијачног азота (амонијација, нитрификација, денитрификација, итд.) је веома осетљива на пХ. Различити микроорганизми имају своје оптималне пХ вредности:
1. Нитрификација (амонијум јони → нитрит → нитрат)
Оптимални пХ: 7,5-8,5 (нитрификујућа бактерија 7,0-8,5, нитрификујућа бактерија 7,5-8,8)
пХ < 6,5: активност нитрификујућих бактерија је значајно инхибирана, стопа конверзије амонијачног азота нагло опада, или чак престаје.
пХ > 9,0: Претерано висока концентрација слободног амонијака инхибира нитрификационе бактерије, а претерано висока алкалност повећава трошкове третмана.
Карактеристике: Нитрификација троши алкалност (производећи водоничне јоне), што доводи до смањења пХ вредности. Правовремено допуњавање алкалности је неопходно за одржавање стабилности система.
2. Денитрификација (нитрати → азот)
Оптимални пХ: 6,5-7,5
пХ < 6,0: Стопа денитрификације је значајно смањена, а нитрит се може акумулирати.
пХ > 8,0: Ефикасност денитрификације се смањује и могу се производити гасови стаклене баште као што је азот оксид.
3. Процес биолошког уклањања азота
Препоручени пХ: Одржава се на 7,0-8,5 током целог процеса, при чему се фаза нитрификације одржава на 7,5-8,5 и фаза денитрификације на 6,5-7,5.